三国时期，战争爆发。年轻的华佗对待家乡亳州人民，过着洒脱的生活。华佗的妙手使太守女儿明心起死回生，获得了神医的美誉，从此与明心结下了不解之缘。华佗为了研制麻沸散治疗明心的眼睛，开始四处游历，寻找药物。华佗在首都与英雄关羽、奸诈的曹操及其弟吴思德有过多次相遇，见识了官场的险恶和世态炎凉。最让华佗伤心的是，他心爱的姑娘明心被吴思德霸占。在吴栋，走投无路的华佗得到隐士的指点，突然醒悟，决心成为一名治病救人、治心治国的大医。赤壁之战，刮痧解毒，秘境奇遇。无论风雨，都不曾改变拯救无辜的心。马飞三的研制成功，也让华佗与明心的爱情修成正果，但幸福来临时，曹操却因疾病、猜忌、仇恨将华佗带走，这位行医济世、返老还童的大医死于狱中。