一个夏日，红头发的女孩玛丽(由杉咲花配音)被送到夏洛特阿姨的小屋去度假。刚来的时候，玛丽对周围的一切都不那么习惯，尤其是故意反对她的调皮男孩彼得(神木龙之介配音)，这让玛丽真的很不开心。在一次偶然的森林探险中，玛丽看到了传说中的魔花“夜飞”，并找到了一把折断的扫帚。恰巧这个神奇的扫帚把玛丽带上了天，来到了专门培训魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方，玛丽受到了曼布尔切克女士(蓝泽优希·阿玛米配音)的热情接待，并遇到了奇形怪状的D博士(小日向文世配音)。虽然这个女孩成了魔法的学生，但她很快发现了隐藏在这里的秘密...这部电影根据玛丽·斯图尔特改编的英国儿童文学小说改编，是米林宏昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。