第一季最后一集，当迈克·温特沃斯？米勒·温特沃斯·米勒)和林肯(多米尼克？多米尼克·珀塞(Purcell)当他们跑到歹徒阿布鲁齐派来的飞机停放的地方时，飞行员因为安全问题没有等他们就离开了。越狱的犯人只能仰望天空叹息，于是开始了自己的逃亡生活。追捕逃犯的联邦调查局高级特工马宏在副总统的授权下成为抓捕小组的负责人，他决定将他们一个个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯的案子被杀，她开始相信麦克，并从父亲的遗物中得到线索；当副总统的下属凯勒曼去抓林肯的儿子LJ，准备拿他当人质时，他杀死了LJ的所有家人，但LJ意外逃脱。一直在帮助林肯的律师们得到了越来越多的线索...所有的情节似乎都在慢慢被揭开。