在一个阳光明媚的日子里，由铃木财团斥巨资建造的铃木铁塔举行了盛大的开幕仪式。柯南(高山南配音)和他的好朋友自然被邀请参观。谁知一名游客突然被远处建筑射出的子弹打死，柯南果断追击锁定凶手。但对方很大胆，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身。之后，FBI和日本警方组成了联合调查总部，并得到了朱迪？斯蒂尔林(一城美由希配音)了解到嫌疑人很可能是前美国海军海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。已经获得银星勋章的亨特后来被战友指控违反交战原则，射杀手无寸铁的平民。从此，他在战场上遭受终身创伤，生活彻底陷入低谷。这次他以神秘狙击手的身份出现，显然是想着报复那些毁了他一生的人。狙击手袭击接连发生，整个东京陷入巨大恐慌...