2199年，来自太阳系外的敌人，Milas帝国，开始入侵其他星球，以拯救他们的母星于危难之中。地球军在与米拉斯帝国军的战斗中被击败，而米拉斯帝国军则向地球发射了大量含有放射性能量的流浪星弹。地球的抵抗力越来越弱。本和依斯干达的孪生星球米拉斯互相帮助，把波发动机和波炮的设计图送到了地球，并告诉地球军，这个星球有清除放射性能量的设备“宇宙清洁剂D”。在与欧美失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯干达星球提供的技术，将沉睡在海底的大和号改造成太空战舰。大和号船员踏上了取回“宇宙清洁工D”的漫长旅程。