主角叫马拓，也是一个无所事事的高中生。他的父亲是一名历史学家，但他在学习时失踪了，留下他和继母。暑假里，主角收到了父亲寄来的包裹，里面有一个指南针和三颗水晶珠子，还有一封写着“时间可逆，历史不可逆”的信和一些关于平行世界概念的信件，并告诉主角晚上去当地著名的地标剑尖见一个人。陀也如约在晚上来到了剑尖，发现继母阿由美和父亲的研究伙伴龙藏寺都在场。原本和善的龙藏寺突然翻脸要一匹马交出它收到的包裹，还掏出枪来威胁他。就在这千钧一发之际，一道闪电落下，劈在神社的圣石上，拓也昏了过去。拓一觉醒来，周围没人，回家睡觉才发现不对劲。后妈和龙藏寺根本不记得昨晚发生了什么。这时，他发现父亲送来的遗物是一个可以让人在平行世界自由穿梭的魔法道具，于是展开了一系列调查，寻找父亲的真实下落。