柯南和小五郎率队前往太平洋美丽的“慎到”岛度假。这个岛自古流传，大概是关于沉在海底的古代遗迹“水下宫殿”，以及300年前两个女海贼留下的宝藏传说。小兰和园方不怕传。在“水下宫殿”附近潜水时，他们意外地遇到了一大群寻找宝藏的猎人。不料其中一只突然被鲨鱼袭击，不幸身亡！小兰和紫苑幸运地逃脱了。柯南看到猎人离奇死亡，和阿沙拉一起展开调查。柯南认为猎人之死与宝藏传说有很大关系。他试图解开背后的原因，“水下宫殿”的谜题一直在他的脑海里。他发现了一组神秘术语“海盗旗”后，以为情况好转，不料猎人突然出现，偷走了原来的宝藏！小兰和园子都在猎人的魔掌中，性命攸关！传说中隐藏着什么信息？「水下宫殿」有什么秘密？通过300年的代码，柯南发誓要逐步解开这个谜。