在一个阳光明媚的日子里，江户川柯南(高山南配音)、毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)和少年侦探队一起来到了京都。他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，
在一个阳光明媚的日子里，江户川柯南(高山南配音)、毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)和少年侦探队一起来到了京都。他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验下海的感觉。在此期间，他们还认识了一位美丽又有些神秘的女自卫队员藤井启海(柴云星配音)。但欢乐的气氛很快被恐慌所取代。军舰上突然发现一只断臂，失踪的自卫队员引起了军方的恐慌和猜测。原来，某国神秘间谍X已经悄悄登上神盾号，伺机窃取军舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南与海原爱(林原惠美配音)、阿笠博士(绪方贤一配音)、服部平次(堀川亮配音)、远山和叶(段丽阳宫村配音)合作，与间谍展开了一系列斗智斗勇的较量...
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